나고야의정서의 적용범위는 생물다양성 협약 제15조의 범위 내의 유전자원과 그 유전자원의 이용에서 발생하는 이익 및 CBD 범위내의 유전자원 관련 전통지식과 그 지식의 이용에서 발생되는 이익에 적용됩니다.
자국영토를 벗어난 공해, 남극 등에 존재하는 자원은 적용대상이 아닙니다.
나고야의정서는 당사국에 의해 의정서가 발효된 이후 획득한 유전자원 및 관련 전통지식에 적용되며, CBD 발효 이전에 획득한 유전자원 또는 그 자원과 관련된 전통지식에는 적용되지 않습니다. CBD는 발효되었으나 나고야의정서가 발효되기 이전인 상황에서 접근된 유전자원 및 관련 전통지식으로부터 발생한 이익에 관해서는 신규(new use) 및 지속되는 이용(continuing use)에 해당하는 경우 당사국에 의해 규제될 수도 있습니다.